Localisée à environ 250 km au nord-ouest de Tahiti, cette île est de dimensions assez réduites : l'île principale ne mesure que 8 km du nord au sud et 5 km d'est en ouest. La superficie totale de Bora-Bora, îlots compris, est inférieure à 40 km². Bora-Bora est formé d'un volcan éteint, entouré par un lagon et une frange de récif. Son point culminant est le mont Otemanu (727 m) situé au centre de l'atoll ; un autre sommet, le mont Pahia, lui aussi situés sur l'île principale, atteint 661 m. L'île principale est creusée de trois baies ouvertes sur le lagon : la baie de Faanui et la baie de Tuuraapuo ou baie Povai à l'ouest, et la baie Hitiaa au nord-ouest. La baie de Tuuraapuo sépare l'île principale de deux îlots de nature volcanique : Toopua et Toopua-iti. Un collier de corail protège Bora-Bora comme une digue. Il s'agit d'un récif-barrière, qui ne présente qu'une ouverture sur l'océan : la passe de Teavanui, située à l'ouest de l'île principale.